为了生成蛋白质复合体结构中所有链之间的同源性矩阵，我们可以使用基于结构比对的工具（如 TM-align），逐对地比对所有链，并根据比对结果（通常是 TM-score）构建同源性矩阵。

具体步骤包括：

1. 提取每条链的序列：从蛋白质复合体的 PDB 文件中提取每个链的序列，并保存成单独的文件。
2. 使用 TM-align 进行比对：对每对链进行比对，计算它们的 TM-score。
3. 构建同源性矩阵：将每对链的 TM-score 记录到矩阵中，形成链序列的同源性矩阵。

步骤 1：提取蛋白质复合体的所有链序列

可以使用 BioPython 提取每个链的序列并保存为单独的 .pdb 文件。

from Bio import PDB

def extract_chain_sequences(pdb_file, output_dir):
    """
    从PDB文件中提取所有链的序列，并保存为独立的PDB文件。
    
    :param pdb_file: 蛋白质复合体PDB文件路径
    :param output_dir: 输出目录，用于保存各链的PDB文件
    """
    parser = PDB.PDBParser(QUIET=True)
    structure = parser.get_structure('complex', pdb_file)
    
    io = PDB.PDBIO()
    for model in structure: